Rejestr jest prowadzony przy użyciu systemu teleinformatycznego i zarządzany przez generalnego dyrektora ochrony środowiska oraz regionalnych DOŚ. Dane mają być gromadzone i aktualizowane w sposób ciągły. Zmiany w rejestrze wynikające z aktów prawnych mają być wprowadzane w ciągu 30 dni od wejścia przepisów w życie. Rejestr ma być dostępny na stronie internetowej GDOŚ. Znajdziemy w nim informacje o: parkach narodowych i krajobrazowych, rezerwatach przyrody, obszarach chronionego krajobrazu, Natura 2000, pomnikach przyrody, stanowiskach dokumentacyjnych, użytkach ekologicznych oraz zespołach przyrodniczo-krajobrazowych.
Dane przestrzenne (tj. współrzędne punktów załamania granicy, a w przypadku pomnika przyrody, dla którego nie można określić granicy – wskazanie współrzędnych geodezyjnych pomnika) należy pozyskać w państwowym systemie odniesień przestrzennych, o którym mowa w przepisach wydanych na podstawie art. 3 ust. 5 ustawy Prawo geodezyjne i kartograficzne, lub w układzie Światowego Systemu Geodezyjnego (WGS 84), z dokładnością odpowiadającą prowadzonej na danym terenie mapie zasadniczej lub leśnej mapie numerycznej.
Dane mają być zapisane w formie plików wektorowych, a gdy jest to niemożliwe – w formie listy współrzędnych punktów załamania granicy. Do zapisu danych wektorowych należy stosować formaty określone zgodnie z przepisami wydanymi na podstawie art. 18 ustawy z dnia 17 lutego 2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne, a ponadto dopuszcza się stosowanie formatu Shapefile. Opisy obiektów (atrybuty) należy zapisać w systemie baz danych dBase.
Rozdzielczość przestrzenna gromadzonych danych musi zapewnić możliwość późniejszej terenowej identyfikacji obiektu wprowadzanego do rejestru. Przy zbieraniu informacji w terenie zaleca się korzystanie z satelitarnych systemów pozycjonowania (GPS, Galileo) i odbiorników GPS klasy co najmniej GIS. Dopuszcza się digitalizację granic obszaru z wykorzystaniem aktualnej ortofotomapy lotniczej lub satelitarnej. Nie dopuszcza się korzystania z materiałów średnio- i małoskalowych w skali 1:25 000 lub mniejszej.